Hay dos tipos de operaciones de filtración microporosa: sin flujo y de flujo cruzado. El primero se utiliza en líquidos de alimentación diluidos (contenido sólido) y aplicaciones de menor escala. La membrana del filtro se convierte en un elemento filtrante, que en su mayoría es desechable. La operación de flujo cruzado, también conocida como operación de flujo tangencial, no es muy sensible a los cambios en el tamaño y la concentración de las partículas suspendidas y es adecuada para aplicaciones a mayor escala. Los componentes de la membrana de este tipo de operación deben limpiarse y regenerarse regularmente.